Zarówno podatkowa księga przychodów i rozchodów, jak też dowody księgowe, które stanowią podstawę zapisów do tej księgi, muszą być przechowywane w określony sposób. Przede wszystkim przepisy nakazują, by taka dokumentacja znajdowała się na stałe w miejscu, w którym wykonywana jest przez przedsiębiorcę działalność. Dokumentacja może się również znajdować w miejscu, które zostało wskazane przez podatnika jako jego siedziba.
Inaczej jest w przypadku, kiedy prowadzenie podatkowej księgi przychodów i rozchodów zostało przekazane do biura rachunkowego. Wówczas zarówno księga, jak i dowody będą musiały znajdować się w miejscu, które wskaże biuro. Oczywiście miejsce to musi zostać podane w zawiadomieniu, które składa się do urzędu skarbowego. Przeważnie jest to siedziba biura rachunkowego lub miejsce, w którym prowadzi ono działalność.
Jeśli przedsiębiorca prowadzi przedsiębiorstwo wielozakładowe, to wówczas musi swoje podatkowe księgi przychodów i rozchodów przechowywać w każdym z tych zakładów. Jeśli jednak podjął on wcześniej decyzję o tym, aby prowadzić i przechowywać tylko jedną księgę w siedzibie przedsiębiorstwa, to wówczas w każdym ze swoich zakładów musi on prowadzić przynajmniej oddzielną ewidencję sprzedaży. Czasami prowadzić trzeba również ewidencję kupna i sprzedaży wartości dewizowych, lub też ewidencję pożyczek i rzeczy, które zostały zastawione.