Kiedy księga jest nieprawidłowo prowadzona przez podatnika, to niestety nie będzie można w oparciu o nią wyliczyć podstawy opodatkowania. Czasami udaje się uniknąć szacowania, kiedy na przykład okazuje się, że dane wynikające z ksiąg w połączeniu z dodatkowymi dowodami pozwalają w prawidłowy sposób określić podstawę opodatkowania. Zatem w pierwszej kolejności należy sprawdzić, czy wszelkie braki w księdze da się uzupełnić za pomocą innych dowodów.
Przedsiębiorca musi mieć świadomość, że szacowanie wartości podstawy opodatkowania nie jest działaniem na szkodę przedsiębiorcy. Ma ono charakter wyjątkowy. Jest to swoista ostateczność i ma ona miejsce wówczas, kiedy nie ma innych sposobów na to, by dokonać ustalenia podstawy opodatkowania. Jeśli już do takiej sytuacji dojdzie, to podatnik powinien brać aktywny udział w toku postępowania. Powinien na wszystkich jego etapach  i dostarczać informacji, które mogą okazać się pomocne w unikaniu szacowania.
Metodę szacowania oraz jej skutki finansowe poznaje się dopiero po fakcie, czyli kiedy już zostanie przedsiębiorcy doręczona decyzja. Warto zatem brać aktywny udział w postępowaniu wyjaśniającym, by nie okazało się później, jak dotkliwa a także kosztowna może okazać się jego bierność i brak prób wyjaśnienia wątpliwości.