By móc przechowywać towar nabyty w ramach wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów w magazynie konsygnacyjnym jego właściciel (podatnik podatku od wartości dodanej) nie jest zarejestrowany jako czynny podatnik VAT. Przechowywane towary będą przeznaczone do prowadzenia działalności produkcyjnej bądź usługowej. Nie mogą one jednak być przedmiotem bezpośredniego handlu.
Właściciel magazynu konsygnacyjnego jest zobowiązany do złożenia we właściwym Urzędzie Skarbowym zawiadomienia o chęci prowadzeni takiego magazynu. Powyższe oświadczenie musi być złożone przed pierwszym planowanym wprowadzeniem towarów i musi zawierać dane obydwu podatników. A także oświadczenie podatnika od wartości dodanej o zamiarze i chęci przemieszczenia towaru do wyżej wymienionego magazynu ze wskazaniem prowadzącego dany magazyn.
Prowadzący magazyn konsygnacyjny zobowiązany jest do prowadzenia ewidencji towarów znajdujących się na stanie. A w szczególności daty przemieszczenia towaru do magazynu, daty pobrania towaru z magazynu, a także dane powracającego towaru. Wszystkie te dane mają na celu umożliwienie szybkiego remanentu magazynu oraz identyfikację towarów.