Do głównych bardzo poważnych nieprawidłowości ZPK, zalicza się bez dwóch zdań wszelkiego rodzaju złe zarządzanie funduszami i administrowanie czy księgowanie wszelkiego rodzaju operacji finansowych. Przede wszystkim w tej kwestii powinno się wymienić przedstawienie w bilansie całkowitej wartości nominalnej długoterminowych lub też długoterminowych aktywów finansowych, stanu należności oraz zapasów jakie będą odznaczać się trwałą utratą wartości, co w efekcie będzie uniemożliwiać dokonanie jakiejkolwiek aktualizacji wartości. Kolejnym bardzo poważnym niedociągnięciem jest zaakceptowanie niedostosowanych do warunków funkcjonowania danej jednostki zasada naliczania jak i dokonywania odpisów amortyzacyjnych środków trwałych jak i też wszelkich wartości zarówno tych materialnych jak i niematerialnych. Następną nieprawidłowością wchodzącą w zakres Zakładowego Planowania Kont jest niewątpliwie pominięcie różnic kursowych podczas ustalania wyniku finansowego. Warto wspomnieć także o zastosowaniu niezwykle uproszczonej ewidencji kosztów, która jak wiadomo nie będzie w stanie zapewnić odpowiednich potrzeb informacyjnych na korzyść sprawozdawczości finansowej i nie będzie powodować prawidłowego funkcjonowania poszczególnej jednostki gospodarczej.