Przedsiębiorcy, którzy chcą zrezygnować ze zwolnienia podmiotowego, muszą powiadomić o tym fakcie naczelnika właściwego urzędu skarbowego. Podatnik zatem przekazać pisemne zawiadomienie o tym zamiarze i to jeszcze przed początkiem miesiąca, w którym będzie chciał zrezygnować ze zwolnienia. Ze zwolnienia z VAT może zrezygnować także nowy przedsiębiorca. W przypadku rozpoczynania prowadzenia przez niego działalności gospodarczej w danym roku podatkowym musi on przekazać pisemne zawiadomienie do naczelnika właściwego urzędu skarbowego. Terminem, którego nie może przekroczyć, jest dzień przed dniem wykonania pierwszej czynności opodatkowanej.
Rezygnacja może zostać dokonana poprzez wysłanie pisma, które będzie zawierało zwrot „rezygnuję ze zwolnienia z podatku od towarów i usług, o którym mowa w art.113 ustawy o podatku od towarów i usług począwszy od dnia ......”. Samodzielne generowanie takiego pisma jest jednak dość rzadko spotykane. W zasadzie rezygnacji dokonuje się poprzez zaznaczenie odpowiedniej rubryki, która zamieszczona jest w formularzu rejestracyjnym VAT-R.